南京农业大学在1984年设立食品系，1985年开始招生，当时对食品专业学生的讲述的基本上是基础微生物偏重农业应用微生物学课程，课程设计也以农业部的规定的农业微生物学大纲为主。80年代末将微生物的教学分为基础微生物和食品微生物两个部分，分别由资环院和我院教师讲授，分别为4个学分，但是存在着内容上的重复和交叉。1995年按照食品科学和工程专业的要求作了更大的调整，将微生物学课程全部由我院开设，将基础微生物和食品微生物学的内容完全有机地结合起来，使食品微生物学在食品科学与工程中的地位进一步加强，使学生能更好地将食品微生物学的知识应用到食品科学与工程的中去。

　　 自建立南京农学院食品系起，食品系就十分重视“食品微生物学”课程建设，食品微生物教研组负责人沈爱光副教授亲自担任授课任务，在教学实践中不断改进和提高。食品科技学院以后的各届领导和任课老师亦非常重视课程建设，陆兆新教授负责该课程的建设，经过各位老师的不懈努力，“食品微生物学”课程建设取得了显著的成效，先后出版了21世纪教材、10.5规划教材，在教材和实验室建设以及人才培养等方面走在省内乃至全国同行的前面。

　　 南京农业大学教务处和食品科技学院对课程的建设也倾注了大量心血，他们不仅将“食品微生物学”列为南京农业大学重点建设的一门重点课程和精品课程，还在经费和实验室建设给予了很大的支持，投入了100多万元改善实验室的实验条件，以提高学生的实践能力和创新能力。我们有理由相信：在学校教务处、食品科技学院的支持下，经过任课教师的努力，南京农业大学的“食品微生物”课程建设会更上一层楼，继续保持在在省内乃至全国领先的地位。 历史沿革详见下图：